ご回答ありがとうございます。
頂いた情報を元に試してみました。
環境の文字コードの問題でした。当初utf8で動かしていたために文字化けした模様です。
結果として、euc環境では文字化けなく共起ネットワークの出力に成功しています。
元々utf8環境でKH Coderを起動したために発生していた模様で、exportで文字コードをeucに変更してから起動し、共起ネットワークを実行した際は文字化けしておりません(当然ながらターミナルロケールもeucへ)
Rも同様にeuc環境では文字化けせず動いております。
ありがとうございました。
今後は、KH Coder利用の際には文字コードの確認を行ってから使用いたします。
今後ともよろしくお願いいたします。