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なにはともあれ、問題が解決したとのことで良かったです。
お書きいただいた内容からすると、どうやらJGRがRの設定を変更していたよう
ですね。Rの再インストールによって、その設定変更がなくなると、JGRは動か
なくなったと見るのが穏当でしょうか。
> RをGUIでいじるのはWindowのほうが良いか
もちろんそれも一手かとは思いますが、単にテキストエディタでRコマンドを
編集されるのが手っ取り早いかもしれません。Rの場合GUIがサポートしてくれ
る内容は限られているかと思いますし、必ずしもGUI環境にこだわらなくとも
良いかもしれません。