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フォーラムの過去記事から示唆を得ようと徘徊していましたら、本記事に辿り着きました。
興味深かったため、Cytoscapeを用いての共起ネットワークのカスタイマイズに挑戦してみました。

KH CoderでEdge数を多くとって共起ネットワークを生成すると、どうしても円が重なったり、ごちゃごちゃしてしまって細かい中身までマップ上で追っていく事が出来ず、データを分割しながら試していたところですが、この方法ですとRの結果から自由にネットワーク上での分析が進むのですね。

Cytoscape上での描画機能が秀逸で、色々な角度からネットワークベースでの視点が手に入るのは面白いところで、またJaccardと連動させてのEdgeの太さの変更やNodeやEdgeでフィルタをかけてのネットワークの掘り下げをどんどん進められるの形で非常に助かっています。


使っていて1つだけご教授頂けたらという点があります。

KH Coder元々の共起ネットワークで実現されていて、上記だとフォロー出来なかった点として「出現頻度による円のサイズ調整」があるかと思います。

上記説明では各ノード間の関係（2点）とJaccard係数、語ラベルと4つの情報をCytoscapeに取り込んでいる形ですが、ここにもう1つ各語の出現頻度数を取り込んでCytoscapeの属性指定によりNode Sizeを指定して出現頻度による円のサイズ調整を実現したいと思っています。

Rの結果からwrite.tableで抽出すればいいと思っているのですが、どうも上手く抽出されず詰まっています。


もしよろしければ各語の出現頻度を出力する方法をご教授頂ければと思います。

よろしくお願いいたします。