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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> Rの結果からwrite.tableで抽出すればいい

まさしくお書きの通りです。

（JGRをインストールしたりして）せっかくRを触っていらっしゃるのですから、
KH Coderが保存する共起ネットワークのRコマンドをご覧になって、コマンド
を工夫・試行錯誤されてみてはいかがでしょうか。

以下はヒントですが、最後のplot.igraphコマンドでKH Coderはグラフを描画
しています。このコマンドのvertex.sizeオプションで円のサイズを指定して
います。このオプションで指定されているのは、v_sizeというRオブジェクト
ですね。このv_sizeを検索して、これがどのように作成されているかを見ていた
だけば…、きっとなんとかなるのではないでしょうか。