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なんと…！
まさか答えが出てしまうとは思いませんで…。
ヒントの意図としても「魚を与えるより釣り方を教えよ」という事と受け止めて、こりゃちゃんとソースを読み解いて中で何をやっているか理解しないと難しいなということで、週末あたりにボチボチ出力されたRソースを読み解こうと思っていたところでした。
単純にv_sizeの抽出では、表示するノードのみのサイズになっているらしいことはわかったので、全ノードのサイズ抽出は、表示させるノードを抽出しているあたりを押さえたらいいのではないかと考え、v_sizeの計算中にフィルタしているか、igraphのプロット時にn2に帰属してフィルタがかかっているかかなあとぼんやりソースを読み始め、一旦立ち止まって考えなきゃだなと。
そもそも表示をCytoscapeにするならプロットロジックは外して、計算ロジックを抽出してAttributeではなく、統合して一つのデータテーブルの中に入れ込みたいなあ、そうすると中身ちゃんと理解して組み立てないとだなあとそんなことを思って、場当たり的な対処は一旦ストップと思った次第です。
なにはともあれ解決策ありがとうございます。
せっかく頂いた機会なので、時間をかけてカスタマイズしていこうと思います。