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樋口さま
早速のご返信をありがとうございます。
「colnames(d)」を検索して、語彙のリストを見てみました。
この時点では、文字化けはありませんでした。
ですが、その語彙リストの中には、共起ネットワーク図内に見当たらない語が複数（10以上）あり、どれが「落Z」に文字化けしているのかは、わかりませんでした。
共起ネットワーク図を描くときの設定としては、
・Jaccard係数0.2以上
・最小出現数5
等の設定をしています。そういったことも関係があるのでしょうか。