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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
今回お知らせいただいた内容から、エラーの原因が分かりました。
KH Coderを本体をこちらのバージョンにアップデートしていただけば、エラー
なしに、正常にデータが出力されると思います。※再度対応分析の実行・結果
の保存（C:\khcoder\test.rの上書き）を行ってください。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=805&mode=allread
# エラーが出なかった環境では、おそらくは、このバージョンをお使いではな
# いでしょうか？
原因は私のミスで、一般公開版（2.b.25a）の仕様をすっかり忘れて、最新テ
スト版（2.b.25p）の仕様にあわせてRのコマンドを書いていたためでした。
お手数をおかけして、まことに申し訳ございませんでした。