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樋口先生さま
袋井と申します。
ご丁寧なご教示をありがとうございました。
私のほうでも、先生がお示しをしてくださいましたような、外部ファイルから読み込むＲスクリプトを作成して実験を行いました。
ただし、特徴ベクトルの類似度計算は余弦（Cosine）を用いました。
個人的な経験から、特徴ベクトルの計算では、距離よりも余弦（Cosine）を用いています。
余談となりますが、
多次元情報の二次元可視化では、SOMとSammonを併用することが多いです。
SOMについては、先生が阪大時代にご使用されたオーストリア製品をはじめ、多くのSOMソフトを持っております。
ボナチッチ中心性については、早々に提供していただき、誠にありがとうございました。
色々なデータで検証をして、後日に感想を述べたいと思います。
色々とありがとうございました。