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こんにちは、樋口です。今回もコメントありがとうございます。
> (1)与えられたクラスタ数から、どのように語をクラスタリングしているの
> でしょうか？
これについては、恐れ入りますが、マニュアルの該当箇所をご覧下さい。現行
の版では5.9節、p. 59になります。マニュアルの記述にご不明の点がございま
したら、ご遠慮なく再度ご質問下さい。
> (2)計算から除外される語は、どのようにして選定されるのでしょうか？
こちらはマニュアルに書いていませんでした。完全に出現パターンが一致する
語の組み合わせがある場合、どちらか片方を分析から省いています。文書×抽
出語表の上で、完全に0-1のパターンが一致していて、距離係数が0になるとい
う意味です。
# これはRのMDS関数（isoMDS）が"zero or negative distance"というエラー
# を出すのを見て、深く考えずに片方を除くようにしたものです。しかし、今
# 考えると、ごくごく小さな距離が存在することにして、分析に含めることも
# できなくはないですね。これについては少し検討します。