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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
上手くいったとのこと、なによりです。

> 1,論文の共著者がA,B,Cとすると

はい、3氏が共著したかどうかという情報、一緒に書いたかどうかという情報
は、描画に用いられていません。使っている語が同じ／似ていることで、結び
つき（線）が描かれています。

※同様に、語と語の共起も、描画に用いられていません。語と著者の共起関係
だけに注目して、描画が行われています。

> □のサイズ・発明者の氏名のサイズ

「R Source」形式のファイルをさらに編集していただくことで、変更できます。

「plot.igraph(」という箇所を検索し、その直前で何度か改行してスペースを
開けます。そこに以下を挿入して下さい。前回同様、行頭の「>」は除いて入
力してください。

> # 四角形のサイズ
> if (length( v_size ) == 1){
> v_size <- rep(v_size, length( get.vertex.attribute(n2,"name") ) )
> }
> v_size[var_select] <- 8 # ここの数字で変更

> # フォントサイズ
> if (length( f_size ) == 1){
> f_size <- rep(f_size, length( get.vertex.attribute(n2,"name") ) )
> }
> f_size[var_select] <- 0.75 # ここの数字で変更

必要に応じて「# ここの数字で変更」という場所の数字を修正していただくこ
とで、お望みのサイズに変更できます。