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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
KH Coderのメイン画面では、ケース数はいくつになっているでしょうか？
メイン画面というのは、最初に出てくる画面で、上部に「プロジェクト」「前
処理」「ツール」などのメニューがある画面です。
「文書の単純集計：」の箇所で、「段落」の「ケース数」をみてください。本
来は、ここで表示された数と、入力ファイルの行数、出力した「文書×抽出語」
表の行数が一致するはずなのですが、一致状況はいかがでしょう？