樋口先生　様；

お世話になります、袋井と申します。

毎々、細かい質問でご迷惑をお掛けしております。


KH Coderの共起ネットワークの上品さがとても気にいっております。

共起ネットワークのノード・エッジの属性割り当てについて、教えていただけませんか。
よろしくお願いいたします。


(1)ノードのカラーコード

中心性・サブグラフの値に基づいて、ノードに色コードが割り当てられると理解していますが、
どのような対応関係となっているのでしょうか？

似通った色同士は類似性はあるのでしょうか？

例えば、テレビの天気予報では、日本地図に気温を暖色〜寒色に割り当てていますが、
KH Coderでもこれと同じような対応関係をイメージされているのでしょうか？


(2)エッジの線種、線幅

円のサイズを大きくするとエッジは見えにくいかもしれませんが、
私は、ノード数を多くして、円のサイズを小さくする傾向がありますので、
エッジの線種、線幅が役立ちます。

線幅、線種の割り当ては、どのようになっているのでしょうか？
エッジの重みで決めているのでしょうか？
中心性・サブグラフの値も利用されているのでしょうか？


(3)
私は、サブグラフ検出（modularity）を使用することが多いです。

サブグラフ検出（modularity）の場合に限定したことかもしれませんが、
先にご教示いただきました、MSTのみの表示、全体の表示を比較すると、ノードの色は同一となります。

これは、偶然でしょうか？

それとも、KH Coderのアルゴリズムからは、そうなるのでしょうか？


細かい質問で申し訳ありませんが、ご教示をお願いします。

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> (1)ノードのカラーコード

総じて、シンプルな操作をしていまして、残念ながらあまり深い意味はありま
せん。

「サブグラフ検出」の場合、単に違う色を割り当ているだけでして、色が似て
いるグループだからといって、類似性があるというふうにはなっていません。

色のセットはここからお借りしています：
http://colorbrewer2.org/

「number of data classes on your map」を12に、「the nature of your dat
a」をqualitativeにしたものです。


次に中心性の場合は、値が大きくなるにつれて、水色→白→ピンクと変化しい
きます。

こちらのページの下の方で紹介されている「cm.colors()」を使っています。
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/53.html

> (2)エッジの線種、線幅

線種については、「サブグラフ検出」の場合、同じコミュニティ内は実線で、
異なるコミュニティ間は点線で結んでいます。おそらく色も若干変化させてい
たように思います（同じコミュニティ内はやや濃い色）。
なお「サブグラフ検出」以外の場合は、すべて実線になっていると思います。

線幅は、「強い共起関係ほど太い線で描画」にチェックが入っている時のみ、
エッジの重み（jaccard係数）によって変化します。中心性・サブグラフの値
は使っていません。

> (3)サブグラフ検出（modularity）でのMSTのみ表示時のカラー

そう大げさなことではありませんでして、MSTのみの表示にするための変更で
は、カラー関係には一切触っていません。したがって、MSTのみにした場合と
していない場合とで、カラーは同じになります。


以上、少し遅くなってしまいましたが、ご返信までに。
ご参考にしていただける部分がございましたら幸いです。

樋口先生　様；

お世話になります、袋井と申します。

ご丁寧にご教示をいただきましたので、よく分かりました。

御礼を申し上げます。

お手数をお掛けいたしました。