こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> (1)ノードのカラーコード
総じて、シンプルな操作をしていまして、残念ながらあまり深い意味はありま
せん。
「サブグラフ検出」の場合、単に違う色を割り当ているだけでして、色が似て
いるグループだからといって、類似性があるというふうにはなっていません。
色のセットはここからお借りしています:
http://colorbrewer2.org/
「number of data classes on your map」を12に、「the nature of your dat
a」をqualitativeにしたものです。
次に中心性の場合は、値が大きくなるにつれて、水色→白→ピンクと変化しい
きます。
こちらのページの下の方で紹介されている「cm.colors()」を使っています。
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/53.html
> (2)エッジの線種、線幅
線種については、「サブグラフ検出」の場合、同じコミュニティ内は実線で、
異なるコミュニティ間は点線で結んでいます。おそらく色も若干変化させてい
たように思います(同じコミュニティ内はやや濃い色)。
なお「サブグラフ検出」以外の場合は、すべて実線になっていると思います。
線幅は、「強い共起関係ほど太い線で描画」にチェックが入っている時のみ、
エッジの重み(jaccard係数)によって変化します。中心性・サブグラフの値
は使っていません。
> (3)サブグラフ検出(modularity)でのMSTのみ表示時のカラー
そう大げさなことではありませんでして、MSTのみの表示にするための変更で
は、カラー関係には一切触っていません。したがって、MSTのみにした場合と
していない場合とで、カラーは同じになります。
以上、少し遅くなってしまいましたが、ご返信までに。
ご参考にしていただける部分がございましたら幸いです。