こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
いえいえ、あのマニュアルを読破するのはなかなか大変だと思います。
> 入力形態素データには活用情報だけでなくて"読み"情報もなかったりするのですが、
> KH coderの主機能を拝見する限りでは使用されていないようですので、NULか
> 形態素自体のコピーで埋めればいいものと理解しております
はい、活用形と同様、何かダミーの文字列でかまわないと思います。
> こちらが用意する形態素データの品詞分類とChaSenの品詞分類が異なる
これについては、KH Coder側の品詞設定を変更していただく必要があるでしょ
う。そうしないと、本来は分析対象に含めたい品詞が「その他」扱いされてし
まうと思います。
こちらのFAQ記事や、マニュアルA.2.2節をご覧ください。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#hinshi