こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
以下の手順をお試しください。
(1) Macを再起動し、ログオフ、再ログインしてください
(2) KH Coderを起動し、入力欄をクリックして、「Shift」を押しながら「Space」
キーを一度押してください。
(3) キーボードの「A」を何度か押してください。
(4) もしこれでも「あ」が入力できなければ、この時点でのターミナルの表示
内容をすべてコピー&ペーストしてお知らせください。
なお、日本語入力のためのキー操作についてより詳しくは、こちらをご覧くだ
さい。
http://khc.sourceforge.net/mac_com_sp.html#jp