こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
KH Coder 2の内部で使っていたMySQLに比べて、KH Coder 3のアルファ版では
新しいバージョンのMySQLを使用しております。この新しいMySQLでは機能しな
くなったSQL文が混じっていたために、今回のエラーが生じたようです。申し
訳ありませんでした。
新しいMySQLでも機能するように、FAQページのSQL文を修正しておきました。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#ov4
お手数をおかけして恐縮ですが、これでお試しいただけますでしょうか。