こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
申し訳ありません。コマンドに誤りがありました。
ご指摘いただき、大変ありがとうございます。
Dist(d,method="correlation")は、「1 - 相関係数」を返します。
相関係数が-1から1までですので、「1 - 相関係数」は0から2まで
ですね。
したがって、相関係数を使う場合は以下のようにする必要があります。
> # 類似度計算
> library(amap)
> d <- Dist(d,method="correlation")
> d <- as.matrix(d)
> d <- 2 - d; # ←ここを「2」に修正
Dist(dat,method="pearson")でコサイン係数をお使いいただく場合は
変更なしで大丈夫でしょう。