お忙しいところありがとうございました。
早速試した結果です。
・SQL文は、テーブル outvar_lab_newを CREATEし、最初の INSERT-WHERE文まで正常に動作しました。
・次の INSERTの FROM LEFT JOIN ON の部分でエラーが出ました（添付画像を参照してください）。
解決の糸口を探るため、SQL文に不慣れでしたのでOracleで文法とにらめっこしてました。
（気が付いたこと）
・SELECT * FROM文で関連するテーブルを確認すると、
テーブル outvar_lab の内容が NULL です。
・この状況で、ON 条件文のうち
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AND outvar_lab.val = temp_labels.val
=============
の左側が NULL だとSyntaxはエラーにならないのでしょうか？
（参考：実行したSQL全文）
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CREATE TABLE temp_labels (
var VARCHAR(255),
val VARCHAR(255),
label VARCHAR(255)
);
INSERT INTO temp_labels (var, val, label) VALUES
( '発生場所その他', 'ＲＩ室', 'テスト１' );
CREATE TABLE outvar_lab_new (
id INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT,
var_id INT NOT NULL,
val VARCHAR(255),
lab VARCHAR(255)
);
INSERT INTO outvar_lab_new (var_id, val, lab)
SELECT outvar.id, temp_labels.val, temp_labels.label
FROM outvar, temp_labels
WHERE outvar.name = temp_labels.var;
INSERT INTO outvar_lab_new (var_id, val, lab)
SELECT outvar_lab.var_id, outvar_lab.val, outvar_lab.lab
FROM outvar, outvar_lab
LEFT JOIN temp_labels ON
outvar.name = temp_labels.var
AND outvar_lab.val = temp_labels.val
WHERE
outvar_lab.var_id = outvar.id AND temp_labels.label IS NULL;
DROP TABLE temp_labels;
DROP TABLE outvar_lab;
RENAME TABLE outvar_lab_new TO outvar_lab
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