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こんにちは、樋口です。
返信が遅れて申し訳有りません。
（あまりに書き込みの少ない掲示板なので最近チェックを怠っておりました）
これはKH Coderの不完全な部分なのですが、「応答無し」となるのは正常な動作なのです。
このときにCPUが動いている（タスクマネージャのパフォーマンス・タブでCPU使用率が100%あるいはそれに近い状態）ならば、予定通りの動作です。
KH Coderはなんらかの処理を行う（あるいはChasenに行わせる）際には、Windowの管理をほぼ完全に放棄しております。この結果として、「応答無し」となってしまいます。
挙動が紛らわしいためにご迷惑をおかけして申し訳有りませんが、そういった仕様ですので、CPU使用率をご確認いただけますでしょうか。