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樋口先生
ご返信ありがとうございます。
無事に解決いたしました。
miを使用してみましたところ、UTF-8になっており、保存し直そうと試しましたところ保存ができなかったので、ParallelsでWindowsのメモ帳で保存し直してから再度miで確認すると、Shift-JISでできておりました。
その後、分析対象ファイルのチェック、前処理の実行ともにできました。
KH Coderの使用方法についてというよりも、ファイルの準備の段階での質問であったにもかかわらず、丁寧かつ早いご返信いただきまして、本当にありがとうございました。