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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> どの医療用語が自動で拾われないかの判断が難しいため、どの医療用語を
> 強制抽出の欄に入力すればいいのかという判断が難しい
「複合語検出」の機能はまさにこの用途のために準備されたものです。強制抽
出しないと、分解されてしまうような複合語（専門用語）を洗い出す機能です。
また、専門用語の取り出しに失敗した場合、専門用語の「残骸」が未知語品詞
として抽出されがちです。ですから、抽出語リストで未知語を確認するのも一
手です。
お書きいただいたように、ChaSenまたはMeCabの辞書を編集なさる方が、根本
的な解決になるように思います。
ただ、強制抽出のための手立てもなくはないという点を（本掲示板をご覧の他
の皆さまにも向けて）捕捉させていただきたく、しつこく書かせていただきま
した。