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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
繰り返しになってしまうのですが、KH Coder上で「時系列」という外部変数を
使いたいならば、対応分析・関連語検索・（コーディング＋）クロス集計など
の方法が適しています。
時系列に関係なく、語と語との結びつきを探る段階では自己組織マップも利用
できるでしょう。
今の時点では、これ以上に思いつくことはないのですが、自己組織化マップに
特別な思い入れがおありですか？ あるいは自己組織化マップで特に「良い」
結果が出るという状況でしょうか。