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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

KH Coderが文字コードの判別に失敗しているようです。
データは日本語でしょうか？

文字コードをShift-JISかEUCとして、未定義の文字（文字化け）が含まれてい
ない状態にして、お試しいただくといかがでしょう。そのためには、CSVファ
イルを秀丸エディタで一度開いて、文字コードをShiftJISまたはEUCに変更し
てから保存するのが一手かと思います。

あるいは、ファイルサイズが大きくないようなら、Excel形式で保存して読み
込みを試してみるのも良いかと思います。（KH Coder 3では比較的大きな
Excelファイルにも対応していますが、限度はあります…）