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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

なにはともあれお疲れさまでした。

今後もし同様のエラーが生じた場合は、
1. KH Coderを終了
2. MySQL（mysqld）を強制終了
3. KH Coderを再び起動する
という手順をお試しいただくとよさそうに思います。再インストールしなく
てもこれで復活する可能性がありそうに思っています。

InnoDBだとMySQL（mysqld）の強制終了時に壊れてしまったりするのですが，
今回InnoDBからMyISAMに変えていますので、強制終了してもそうそう壊れない
からです。

p.s.
今回の件を教訓に、3.Alpha.14bからはデフォルトでMyISAMにいたしました。