こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

共起ネットワークでは、Jaccard係数を用いて語と語の共起の程度を測ってい
ます。これをJaccard係数ではなく、単純な共起の回数にしたいということで
すね。

このためには、Jaccard係数を、ほかの係数に変更するという手順を踏めばOK
です。英語なのですが、こちらに手引きがあります。
https://sourceforge.net/p/khc/discussion/222396/thread/a2d8a1b9/#2150


具体的なRプログラムの変更については、まず、以下のような部分を探します。

> d <- dist(d,method="binary")
> d <- as.matrix(d)
> d <- 1 - d;

この部分を次のように書き換えればOKです。

if (! require(proxy)){
install.packages("proxy")
stopifnot(require(proxy))
}
n <- ncol(d)
d <- simil(d,method="Russel")
d <- as.matrix( d ) * n

添付のスクリーンショットのように、共起回数をネットワーク内に書き添える
には、「font_fam <- NULL」という行の直前に、以下の行を追加します。また、
これを行なうにはKH Coder 3のアルファ版を使用する必要があります。

> edge_label <- get.edge.attribute(n2,"weight")