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Ｒを触れたこともない素人のため、建設的なアイデアを提示できずに心苦しい限りです。
その素人の短絡的な考えで大変恐縮ですが、以下のようなプログラムをRに組み入れるのは難しいのでしょうか？
・「描画するedgeの選択」では実際のJaccard係数を指定（入力）できるようにする
↓
・共起ネットワークは調整済み係数に基づいて、とりあえずの描画（計算）をする
↓
・最後に、指定したJaccard係数に達していない抽出語およびedgeを削除して、描画(出力)する
これが難しい場合は、描画されたedgeのJaccard係数をしらみつぶしに見て、最小値を特定し、
「この共起ネットワークはJaccard係数〇〇以上で描画した」などと論文等では記述しようと考えます。