Re: 共起ネットワークの各種計算とエッジの重み（jaccard係数） (HIGUCHI Koichi) KH Coder 旧掲示板

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

良いご質問です。というのも、エッジの有無（0-1）で計算しているのか、重
み（jaccard係数）を使っているのかは結構ややこしいので、この機会に
ちょっとまとめさせていただきます。

まず中心性ですが、次数中心性だけでなく媒介中心性についても、エッジの重
みは使わず、エッジの有無（0-1）で計算しているようです。ただし固有ベク
トル中心性では、エッジの重み（jaccard係数）を使っています。

次にサブグラフ検出ですが、同様に「媒介」ではエッジの有無（0-1）で計算
しているようですが、「modurality」の方では重み（jaccard係数）を使用し
ています。

あと、グラフの配置には重みを用いています。Fruchterman・Reingoldでも
Kamada・Kawaiでも同じです。

最後に、上記コマンドの最小スパニングツリーは、エッジの重みを考慮に入れ
たprimの方法で求めています。入力として（1 - jaccard係数）を渡している
ので、なるべく共起の程度が強いエッジを通る「ツリー」が形成されている
はずです。

ということで、「媒介」が重みを使っていない以外は大体直感に合う(?)形に
なっていますでしょうか。