こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
はい、お書きいただいた内容で間違いないと思います。
MSTを表示しない設定で共起ネットワークを作成し、「R-Source」形式で保存
し、お書きいただいたコマンドを「# 初期配置」という行の直前に挿入してい
ただいても良いでしょう。
Edgeの数が60以下のシンプルなネットワークで、KH Coder上でのMST表示と、
MSTのみにしたものを比較していただくと、成功していることがはっきりしよ
うかと思います。
> MST以外のエッジを非表示に
これもおもしろそうですが、MSTのみを表示するのであれば、MSTのみでレイア
ウトをやり直したほうが見やすい表示になるでしょう。すなわち現在なさって
いるやり方が良いかと思います。
とは言いつつ、もしご自身でお試しになる場合は、まずMSTを表示する設定で
共起ネットワークを作成し、「R-Source」形式で保存します。
そして、「# MSTに合致するedgeを強調」という行を検索し、直後に、以下の行
を挿入します。
> edg_lty <- rep(0, ecount(n2) )
例によって最初の「>」は無視して、それ移行を挿入して下さい。
上書き保存をしてRで実行すれば、レイアウトを変えずに、MST以外のエッジが
非表示になります。(それほど見やすくないかもしれないと思いますが…)
以上、ご参考にしていただける部分がありましたら幸いです。