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樋口先生 様；
お世話になります、袋井と申します。
ご丁寧にご教示いただきましたので、よく分かりました。
理解を深めることができました。
MSTのみで「再レイアウト」をしたグラフは、
更にグラフ分割（modularity）のオプションを加えると、KH Coderの上質なカラーリングの効果が大きく、
天体望遠鏡、万華鏡を覗くように綺麗に見えます。
（もし、モノクロならば、顕微鏡の世界です）
改めて、カラーリングの重要性を再認識しました。
御礼を申し上げます。