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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

しばしば見受けられるのは、セキュリティ関連のソフトウェアによってKH Cod
erとRのやりとりが遮断されているというケースです。セキュリティ関連のソ
フトウェアは何かお使いでしょうか。一時的にセキュリティを無効にしてお試
しいただくといかがでしょうか。

それでも上手くいかない場合ですが、「Could not read the output of R」の、
次の行には何か表示されていますでしょうか。

またKH Coderの起動時のコンソール画面には、「R Version: 2.12」といった
形でバージョン番号が表示されていますでしょうか。