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樋口です。考えられる対策をもう1つ思いつきました。
[3] Rgui.batをダブルクリックしてRを起動したら、まず以下のコマンドを実
行します。（最初の「>」を含めずに、それ以後をR Consoleに入力してキーボ
ードのEnterキーを押します）
> Sys.setlocale(category="LC_ALL", locale="Japanese_Japan.932")
そして、KH Coderから保存したR SourceファイルをR Consoleにドラッグ＆ド
ロップします。
[1]から[3]までのどれかが効果を発揮すると良いのですが…。