こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。ご自身のファイルの前処理を実行する前に、「分析対象ファイルのチェック」を行ってみると良いかもしれません。あとは、ファイルが大きすぎる場合には、Rが「メモリーを確保するのに失敗した」という主旨のエラーを出す場合があります。私が実際に試したことがあるのは、この程度のサイズまでです:http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-size-timeひとまず思いつくのは以上のようなところでしょうか。