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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> Statistics::R::Bridge::pipe::read_processR, Sleep and Retry!
> Statistics::R::Bridge::pipe::send, signal from read_processR

これらが表示されること自体は正常であり、特に問題ありません。

これらが表示された後に、KH Coder上で何か別のエラーがでたり、プロットが
表示されなかったりということでしょうか？

KH CoderとRとのやりとりも（MeCabの場合と同様）ファイルを通してのやりと
りです。KH Coderがファイルに書き込んだ情報を、Rが読み取るといった形で
す。こうしたプロセス間のやりとりというか、ファイルへのアクセスを邪魔し
そうな何かがありそうに思うのですが、突き止められず残念です。