その後、Pajekが日本語ラベルの表示に対応したようです。KH Coderで作成し
た共起ネットワークを「Pajek」で表示・編集する手順を以下にまとめておき
ます。

手順の概要はいつも通りです：
(1) KH Coderで「共起ネットワーク」を作成して、これをR形式で保存
(2) Rを起動して、(1)で保存したファイルを読みこみ
(3) RからPajek向けにデータを保存
(4) Pajekを起動して、(3)で保存したデータを読み込む

(1)と(2)の手順については、こちらのスライド前半をご覧ください。
http://www.slideshare.net/khcoder/r2kh-coder

(3)については、まずRのメニューから「ファイル」→「ディレクトリの選択」
をクリックして、任意の場所（ディレクトリ）を選択して下さい。この操作の
後に以下のコマンドを実行すると、選択した場所（ディレクトリ）にファイル
が保存されます。※Rのメニューが英語表示されている場合は「File」→「Cha
nge dir」です。

#---------------------------------------------------------------------
n3 <- set.vertex.attribute(
    n2,
    "id",
    (0+new_igraph):(length(get.vertex.attribute(n2,"name"))-1+new_igraph),
    colnames(d)[ as.numeric( get.vertex.attribute(n2,"name") ) ]
)

n3 <- set.vertex.attribute(
    n3,
    "xfact",
    (0+new_igraph):(length(get.vertex.attribute(n2,"name"))-1+new_igraph),
    v_size * 0.5
)

n3 <- set.vertex.attribute(
    n3,
    "yfact",
    (0+new_igraph):(length(get.vertex.attribute(n2,"name"))-1+new_igraph),
    v_size * 0.5
)

write.graph(n3, "pajec.net", format="pajek")
#---------------------------------------------------------------------

(4)Pajekを起動して、「File」「Network」「Read」とたどって、上の(3)で保
存したファイルを開きます。