KH Coderで作成した共起ネットワークをカスタマイズしたいというケースは、
しばしばあるのではないかと思います。語と語が重なってしまって細部を読み
取りにくいので、なんとかしたいという場合。あるいは、他の手法での自動配
置をあれこれ試してみたい場合もあるでしょう。
そんな場合には、R形式で共起ネットワークを保存して、Rを使ってあれこれ試
してみるというのが1つの方法です。
[ご参考1] http://khc.sourceforge.net/scr_r.html#using_plots
[ご参考2] http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=549&mode=allread
これらのURLの他、鈴木努先生の『ネットワーク分析（Rで学ぶデータサイエン
ス8）』も大変参考になるでしょう。この書籍、鈴木先生よりご恵与いただき
ました。ありがとうございました。
[Amazon 当該書籍] http://www.amazon.co.jp/dp/4320019288
以上のようにRを使うのも1つの方法ですが、ネットワーク分析・可視化の専用
ソフトウェアを使った方が、より手軽に、いろいろなことが行える場合がある
かもしれません。今回は「Cytoscape」というネットワーク可視化・分析プロ
グラムとKH Coderの連携について調べたので、簡単ですが以下にメモしておき
ます。
[Cytoscape] http://www.cytoscape.org/
※1 社会学の分野ではCytoscapeよりもPajekの方がポピュラーだと思いますが、
残念ながらPajekでは日本語ラベルの表示ができないようなので、今回はパス
しました。
さて、少々面倒ではありますが、以下のような手順を踏むことで、KH Coderで
作成した共起ネットワークをCytoscape上に読み込むことができます。添付画
像は、KH Coderチュートリアルに添付の漱石「こころ」から作成した共起ネッ
トワークを、Cytoscapeに読み込んだところです。
手順:
(1) KH Coderで「共起ネットワーク」を作成して、これをR形式で保存
(2) Rを起動して、(1)で保存したファイルを読みこみ、Cytoscape向けにデータを保存
(3) Cytoscapeを起動して、(2)で保存したデータを読み込む
(2)についての補足として、KH Coderに添付のRは、「kh_coder.exe」がある場
所から見て、「dep\R\bin\Rgui.exe」をダブルクリックすることで起動できま
す。また、(1)で保存した「*.r」ファイルをRのコンソールにドラッグアンド
ドロップすることで、当該ファイルを読み込むこと（実行）ができます。
そしてRのメニューから「ファイル」→「ディレクトリの選択」をクリックし
て、任意の場所（ディレクトリ）を選択して下さい。この操作の後に以下の2
つのコマンドを実行すると、選択した場所（ディレクトリ）にファイルが保存
されます。
write.table(el2,"cytoscape-network.txt",row.names=F,col.names=F,quote=F)
write.table(rownames(d), "cytoscape-node-attribute.txt",quote=F,sep="=")
(3)についてですが、Cytoscapeからは「File」→「Import」→「Network from
Table」をクリックして、「cytoscape-network.txt」を読み込んで下さい。
そして、「Source Interaction」に「Column 1」を、「Target Interaction」
に「Column 2」を選択します。さらに「Column 3」の上で左クリックして、「
Column 3」を青くして、「Import」をクリックします。
※Column 3の内容はJaccardの類似性測度です。数値が大きいほど、共起の度
合いが強くなります。
さらにCytoscapeで、「File」→「Import」→「Node Attributes」をクリック
して、「cytoscape-node-attribute.txt」を読み込みます。そしてCytoscape
内のViz Mapperで、「Node Label」をIDからxに変更すると、各ノードのラベル
が番号表示から語に変わります。
以上でCytoscapeにデータを読み込むことができます。Cytoscapeの様々なグラ
フ描画機能を試してみると、おもしろいかもしれません。今後余裕があればも
う少しCytoscapeを個人的に触ってみたいと思います。そして、もし「Cytosca
peは役立つ」という気がしてきたら、もう少し簡単にCytoscapeにデータを出
力できるようにKH Coderに手を加えるかもしれません。
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